feat: IL-1β 식품 GraphRAG 스키마 확장 및 데이터 파이프라인
PostgreSQL + Apache AGE에 식품-바이오마커 관계 추가: 1. schema_food_biomarker.sql - foods 테이블: 식품 마스터 (염증 유발/항염증) - biomarkers 테이블: IL-1β, CRP 등 바이오마커 - food_biomarker_effects: 식품-바이오마커 관계 - disease_biomarker_association: 질병-바이오마커 연결 - v_il1beta_increasing_foods 뷰: IL-1β 증가 식품 목록 - get_foods_to_avoid() 함수: 질병별 피해야 할 식품 2. age_food_graph.py - Apache AGE 그래프 노드 생성 (Food, Biomarker, Disease) - 관계 생성 (INCREASES, DECREASES, ASSOCIATED_WITH) - PostgreSQL 테이블 → Cypher 그래프 변환 3. import_il1beta_foods.py - PubMed 검색 결과 기반 식품 데이터 자동 입력 - 10개 식품 데이터 (7개 염증 유발 + 3개 항염증) - 근거 논문 PMID 포함 (36776889, 40864681 등) 4. il1beta_proinflammatory_foods_research.py - PubMed 검색: 고지방, 고당, 가공육, 적색육, 알코올 - 24개 논문 분석 - 카테고리별 분류 및 메커니즘 분석 활용: - NAFLD 환자 식이 지도 (고지방식 금지) - 관절염 환자 항염증 식단 (오메가-3 권장) - 근거 기반 영양 상담 (PubMed PMID 제시) Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.5 <noreply@anthropic.com>
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1e904000c7
commit
37821fefdb
335
backend/db/age_food_graph.py
Normal file
335
backend/db/age_food_graph.py
Normal file
@ -0,0 +1,335 @@
|
||||
"""
|
||||
Apache AGE 그래프 생성: Food + Biomarker 노드 및 관계
|
||||
|
||||
목적: PostgreSQL 테이블 데이터를 Apache AGE 그래프로 변환
|
||||
작성일: 2026-02-04
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import sys
|
||||
import os
|
||||
|
||||
# UTF-8 인코딩 강제
|
||||
if sys.platform == 'win32':
|
||||
import io
|
||||
sys.stdout = io.TextIOWrapper(sys.stdout.buffer, encoding='utf-8')
|
||||
sys.stderr = io.TextIOWrapper(sys.stderr.buffer, encoding='utf-8')
|
||||
|
||||
import psycopg2
|
||||
from psycopg2.extras import RealDictCursor
|
||||
|
||||
|
||||
class AGEFoodGraphBuilder:
|
||||
"""Apache AGE 그래프 빌더"""
|
||||
|
||||
def __init__(self, db_config):
|
||||
"""
|
||||
Args:
|
||||
db_config: PostgreSQL 연결 설정
|
||||
"""
|
||||
self.db_config = db_config
|
||||
self.conn = None
|
||||
self.cursor = None
|
||||
self.graph_name = 'pharmacy_graph'
|
||||
|
||||
def connect(self):
|
||||
"""PostgreSQL 연결"""
|
||||
try:
|
||||
self.conn = psycopg2.connect(**self.db_config)
|
||||
self.cursor = self.conn.cursor(cursor_factory=RealDictCursor)
|
||||
print("✅ PostgreSQL 연결 성공")
|
||||
|
||||
# AGE 확장 로드
|
||||
self.cursor.execute("LOAD 'age';")
|
||||
self.cursor.execute("SET search_path = ag_catalog, '$user', public;")
|
||||
|
||||
# 그래프 생성 (이미 있으면 무시)
|
||||
try:
|
||||
self.cursor.execute(f"SELECT create_graph('{self.graph_name}');")
|
||||
self.conn.commit()
|
||||
print(f"✅ 그래프 '{self.graph_name}' 생성 완료")
|
||||
except psycopg2.Error as e:
|
||||
if 'already exists' in str(e):
|
||||
print(f"ℹ️ 그래프 '{self.graph_name}' 이미 존재")
|
||||
self.conn.rollback()
|
||||
else:
|
||||
raise
|
||||
|
||||
except Exception as e:
|
||||
print(f"❌ PostgreSQL 연결 실패: {e}")
|
||||
raise
|
||||
|
||||
def create_food_nodes(self):
|
||||
"""Food 노드 생성"""
|
||||
print("\n📦 Food 노드 생성 중...")
|
||||
|
||||
try:
|
||||
# SQL 테이블에서 식품 데이터 조회
|
||||
self.cursor.execute("""
|
||||
SELECT food_id, food_name, food_name_en, category, subcategory, description
|
||||
FROM foods
|
||||
""")
|
||||
foods = self.cursor.fetchall()
|
||||
|
||||
for food in foods:
|
||||
# Cypher 쿼리로 노드 생성
|
||||
query = f"""
|
||||
SELECT * FROM cypher('{self.graph_name}', $$
|
||||
MERGE (f:Food {{
|
||||
food_id: {food['food_id']},
|
||||
name: '{food['food_name']}',
|
||||
name_en: '{food['food_name_en'] or ''}',
|
||||
category: '{food['category']}',
|
||||
subcategory: '{food['subcategory'] or ''}',
|
||||
description: '{food['description'] or ''}'
|
||||
}})
|
||||
RETURN f
|
||||
$$) AS (result agtype);
|
||||
"""
|
||||
self.cursor.execute(query)
|
||||
|
||||
self.conn.commit()
|
||||
print(f"✅ Food 노드 {len(foods)}개 생성 완료")
|
||||
|
||||
except Exception as e:
|
||||
print(f"❌ Food 노드 생성 실패: {e}")
|
||||
self.conn.rollback()
|
||||
raise
|
||||
|
||||
def create_biomarker_nodes(self):
|
||||
"""Biomarker 노드 생성"""
|
||||
print("\n📦 Biomarker 노드 생성 중...")
|
||||
|
||||
try:
|
||||
# SQL 테이블에서 바이오마커 데이터 조회
|
||||
self.cursor.execute("""
|
||||
SELECT biomarker_id, biomarker_name, biomarker_type,
|
||||
normal_range_min, normal_range_max, unit, description
|
||||
FROM biomarkers
|
||||
""")
|
||||
biomarkers = self.cursor.fetchall()
|
||||
|
||||
for bm in biomarkers:
|
||||
query = f"""
|
||||
SELECT * FROM cypher('{self.graph_name}', $$
|
||||
MERGE (b:Biomarker {{
|
||||
biomarker_id: {bm['biomarker_id']},
|
||||
name: '{bm['biomarker_name']}',
|
||||
type: '{bm['biomarker_type']}',
|
||||
normal_min: {bm['normal_range_min'] or 0},
|
||||
normal_max: {bm['normal_range_max'] or 0},
|
||||
unit: '{bm['unit'] or ''}',
|
||||
description: '{bm['description'] or ''}'
|
||||
}})
|
||||
RETURN b
|
||||
$$) AS (result agtype);
|
||||
"""
|
||||
self.cursor.execute(query)
|
||||
|
||||
self.conn.commit()
|
||||
print(f"✅ Biomarker 노드 {len(biomarkers)}개 생성 완료")
|
||||
|
||||
except Exception as e:
|
||||
print(f"❌ Biomarker 노드 생성 실패: {e}")
|
||||
self.conn.rollback()
|
||||
raise
|
||||
|
||||
def create_food_biomarker_relationships(self):
|
||||
"""Food → Biomarker 관계 생성"""
|
||||
print("\n🔗 Food → Biomarker 관계 생성 중...")
|
||||
|
||||
try:
|
||||
# SQL 테이블에서 관계 데이터 조회
|
||||
self.cursor.execute("""
|
||||
SELECT
|
||||
f.food_id, f.food_name,
|
||||
b.biomarker_id, b.biomarker_name,
|
||||
fbe.effect_type, fbe.magnitude, fbe.percent_change,
|
||||
fbe.mechanism, fbe.evidence_pmid, fbe.study_type, fbe.reliability
|
||||
FROM food_biomarker_effects fbe
|
||||
JOIN foods f ON fbe.food_id = f.food_id
|
||||
JOIN biomarkers b ON fbe.biomarker_id = b.biomarker_id
|
||||
""")
|
||||
effects = self.cursor.fetchall()
|
||||
|
||||
for effect in effects:
|
||||
# 관계 타입 결정
|
||||
if effect['effect_type'] == 'increases':
|
||||
rel_type = 'INCREASES'
|
||||
elif effect['effect_type'] == 'decreases':
|
||||
rel_type = 'DECREASES'
|
||||
else:
|
||||
rel_type = 'AFFECTS'
|
||||
|
||||
# Cypher 쿼리로 관계 생성
|
||||
query = f"""
|
||||
SELECT * FROM cypher('{self.graph_name}', $$
|
||||
MATCH (f:Food {{food_id: {effect['food_id']}}})
|
||||
MATCH (b:Biomarker {{biomarker_id: {effect['biomarker_id']}}})
|
||||
MERGE (f)-[r:{rel_type} {{
|
||||
magnitude: '{effect['magnitude'] or 'unknown'}',
|
||||
percent_change: {effect['percent_change'] or 0},
|
||||
mechanism: '{effect['mechanism'] or ''}',
|
||||
evidence_pmid: '{effect['evidence_pmid'] or ''}',
|
||||
study_type: '{effect['study_type'] or ''}',
|
||||
reliability: {effect['reliability'] or 0.5}
|
||||
}}]->(b)
|
||||
RETURN r
|
||||
$$) AS (result agtype);
|
||||
"""
|
||||
self.cursor.execute(query)
|
||||
|
||||
self.conn.commit()
|
||||
print(f"✅ Food-Biomarker 관계 {len(effects)}개 생성 완료")
|
||||
|
||||
except Exception as e:
|
||||
print(f"❌ 관계 생성 실패: {e}")
|
||||
self.conn.rollback()
|
||||
raise
|
||||
|
||||
def create_disease_nodes(self):
|
||||
"""Disease 노드 생성 (질병-바이오마커 연결용)"""
|
||||
print("\n📦 Disease 노드 생성 중...")
|
||||
|
||||
try:
|
||||
# SQL 테이블에서 질병 데이터 조회
|
||||
self.cursor.execute("""
|
||||
SELECT DISTINCT disease_icd_code, disease_name
|
||||
FROM disease_biomarker_association
|
||||
""")
|
||||
diseases = self.cursor.fetchall()
|
||||
|
||||
for disease in diseases:
|
||||
query = f"""
|
||||
SELECT * FROM cypher('{self.graph_name}', $$
|
||||
MERGE (d:Disease {{
|
||||
icd_code: '{disease['disease_icd_code']}',
|
||||
name: '{disease['disease_name']}'
|
||||
}})
|
||||
RETURN d
|
||||
$$) AS (result agtype);
|
||||
"""
|
||||
self.cursor.execute(query)
|
||||
|
||||
self.conn.commit()
|
||||
print(f"✅ Disease 노드 {len(diseases)}개 생성 완료")
|
||||
|
||||
except Exception as e:
|
||||
print(f"❌ Disease 노드 생성 실패: {e}")
|
||||
self.conn.rollback()
|
||||
raise
|
||||
|
||||
def create_biomarker_disease_relationships(self):
|
||||
"""Biomarker → Disease 관계 생성"""
|
||||
print("\n🔗 Biomarker → Disease 관계 생성 중...")
|
||||
|
||||
try:
|
||||
self.cursor.execute("""
|
||||
SELECT
|
||||
b.biomarker_id, b.biomarker_name,
|
||||
dba.disease_icd_code, dba.disease_name,
|
||||
dba.association_strength, dba.threshold_value,
|
||||
dba.evidence_pmid
|
||||
FROM disease_biomarker_association dba
|
||||
JOIN biomarkers b ON dba.biomarker_id = b.biomarker_id
|
||||
""")
|
||||
associations = self.cursor.fetchall()
|
||||
|
||||
for assoc in associations:
|
||||
query = f"""
|
||||
SELECT * FROM cypher('{self.graph_name}', $$
|
||||
MATCH (b:Biomarker {{biomarker_id: {assoc['biomarker_id']}}})
|
||||
MATCH (d:Disease {{icd_code: '{assoc['disease_icd_code']}'}})
|
||||
MERGE (b)-[r:ASSOCIATED_WITH {{
|
||||
strength: {assoc['association_strength'] or 0.5},
|
||||
threshold: {assoc['threshold_value'] or 0},
|
||||
evidence_pmid: '{assoc['evidence_pmid'] or ''}'
|
||||
}}]->(d)
|
||||
RETURN r
|
||||
$$) AS (result agtype);
|
||||
"""
|
||||
self.cursor.execute(query)
|
||||
|
||||
self.conn.commit()
|
||||
print(f"✅ Biomarker-Disease 관계 {len(associations)}개 생성 완료")
|
||||
|
||||
except Exception as e:
|
||||
print(f"❌ 관계 생성 실패: {e}")
|
||||
self.conn.rollback()
|
||||
raise
|
||||
|
||||
def verify_graph(self):
|
||||
"""그래프 검증"""
|
||||
print("\n🔍 그래프 검증 중...")
|
||||
|
||||
try:
|
||||
# 노드 개수 확인
|
||||
queries = {
|
||||
'Food': f"SELECT * FROM cypher('{self.graph_name}', $$ MATCH (f:Food) RETURN COUNT(f) $$) AS (count agtype);",
|
||||
'Biomarker': f"SELECT * FROM cypher('{self.graph_name}', $$ MATCH (b:Biomarker) RETURN COUNT(b) $$) AS (count agtype);",
|
||||
'Disease': f"SELECT * FROM cypher('{self.graph_name}', $$ MATCH (d:Disease) RETURN COUNT(d) $$) AS (count agtype);"
|
||||
}
|
||||
|
||||
for node_type, query in queries.items():
|
||||
self.cursor.execute(query)
|
||||
result = self.cursor.fetchone()
|
||||
count = result['count'] if result else 0
|
||||
print(f" {node_type} 노드: {count}개")
|
||||
|
||||
# 관계 개수 확인
|
||||
rel_query = f"SELECT * FROM cypher('{self.graph_name}', $$ MATCH ()-[r]->() RETURN COUNT(r) $$) AS (count agtype);"
|
||||
self.cursor.execute(rel_query)
|
||||
rel_result = self.cursor.fetchone()
|
||||
rel_count = rel_result['count'] if rel_result else 0
|
||||
print(f" 관계: {rel_count}개")
|
||||
|
||||
print("✅ 그래프 검증 완료")
|
||||
|
||||
except Exception as e:
|
||||
print(f"❌ 그래프 검증 실패: {e}")
|
||||
|
||||
def build(self):
|
||||
"""전체 그래프 빌드"""
|
||||
print("\n" + "=" * 60)
|
||||
print("Apache AGE 그래프 빌드 시작")
|
||||
print("=" * 60)
|
||||
|
||||
try:
|
||||
self.connect()
|
||||
self.create_food_nodes()
|
||||
self.create_biomarker_nodes()
|
||||
self.create_disease_nodes()
|
||||
self.create_food_biomarker_relationships()
|
||||
self.create_biomarker_disease_relationships()
|
||||
self.verify_graph()
|
||||
|
||||
print("\n" + "=" * 60)
|
||||
print("✅ 그래프 빌드 완료!")
|
||||
print("=" * 60)
|
||||
|
||||
except Exception as e:
|
||||
print(f"\n❌ 그래프 빌드 실패: {e}")
|
||||
raise
|
||||
finally:
|
||||
if self.conn:
|
||||
self.conn.close()
|
||||
print("\n🔌 PostgreSQL 연결 종료")
|
||||
|
||||
|
||||
def main():
|
||||
"""메인 실행"""
|
||||
|
||||
# PostgreSQL 연결 설정 (환경에 맞게 수정)
|
||||
db_config = {
|
||||
'host': 'localhost',
|
||||
'database': 'pharmacy_db',
|
||||
'user': 'postgres',
|
||||
'password': 'your_password_here', # 실제 비밀번호로 변경
|
||||
'port': 5432
|
||||
}
|
||||
|
||||
builder = AGEFoodGraphBuilder(db_config)
|
||||
builder.build()
|
||||
|
||||
|
||||
if __name__ == '__main__':
|
||||
main()
|
||||
225
backend/db/schema_food_biomarker.sql
Normal file
225
backend/db/schema_food_biomarker.sql
Normal file
@ -0,0 +1,225 @@
|
||||
-- ============================================================
|
||||
-- PostgreSQL + Apache AGE 스키마 확장
|
||||
-- Food (식품) + Biomarker (바이오마커) 노드 추가
|
||||
-- ============================================================
|
||||
|
||||
-- 1. 식품 테이블
|
||||
CREATE TABLE IF NOT EXISTS foods (
|
||||
food_id SERIAL PRIMARY KEY,
|
||||
food_name TEXT NOT NULL,
|
||||
food_name_en TEXT,
|
||||
category TEXT NOT NULL, -- 'pro_inflammatory', 'anti_inflammatory', 'neutral'
|
||||
subcategory TEXT, -- 'high_fat', 'processed_meat', 'sugar', 'alcohol', 'omega3', 'antioxidant'
|
||||
description TEXT,
|
||||
serving_size TEXT, -- '100g', '1컵' 등
|
||||
kcal_per_serving REAL,
|
||||
created_at TIMESTAMP DEFAULT NOW()
|
||||
);
|
||||
|
||||
-- 인덱스
|
||||
CREATE INDEX idx_foods_category ON foods(category);
|
||||
CREATE INDEX idx_foods_subcategory ON foods(subcategory);
|
||||
|
||||
-- 샘플 데이터
|
||||
INSERT INTO foods (food_name, food_name_en, category, subcategory, description) VALUES
|
||||
('고지방 식품', 'High-fat foods', 'pro_inflammatory', 'high_fat', '튀김, 패스트푸드 등'),
|
||||
('포화지방', 'Saturated fat', 'pro_inflammatory', 'high_fat', '동물성 지방, 버터 등'),
|
||||
('가공육', 'Processed meat', 'pro_inflammatory', 'processed_meat', '베이컨, 소시지, 햄'),
|
||||
('적색육', 'Red meat', 'pro_inflammatory', 'red_meat', '소고기, 돼지고기'),
|
||||
('알코올', 'Alcohol', 'pro_inflammatory', 'alcohol', '소주, 맥주, 와인'),
|
||||
('설탕', 'Sugar', 'pro_inflammatory', 'sugar', '단 음료, 과자, 케이크'),
|
||||
('트랜스지방', 'Trans fat', 'pro_inflammatory', 'trans_fat', '마가린, 쇼트닝'),
|
||||
('오메가-3', 'Omega-3', 'anti_inflammatory', 'omega3', '등푸른 생선, 들기름'),
|
||||
('커큐민', 'Curcumin', 'anti_inflammatory', 'antioxidant', '강황 추출물'),
|
||||
('블루베리', 'Blueberry', 'anti_inflammatory', 'antioxidant', '항산화 과일')
|
||||
ON CONFLICT DO NOTHING;
|
||||
|
||||
|
||||
-- 2. 바이오마커 테이블
|
||||
CREATE TABLE IF NOT EXISTS biomarkers (
|
||||
biomarker_id SERIAL PRIMARY KEY,
|
||||
biomarker_name TEXT UNIQUE NOT NULL,
|
||||
biomarker_type TEXT NOT NULL, -- 'inflammatory_cytokine', 'lipid', 'glucose', 'hormone'
|
||||
normal_range_min REAL,
|
||||
normal_range_max REAL,
|
||||
unit TEXT, -- 'pg/mL', 'mg/dL' 등
|
||||
description TEXT,
|
||||
created_at TIMESTAMP DEFAULT NOW()
|
||||
);
|
||||
|
||||
-- 인덱스
|
||||
CREATE INDEX idx_biomarkers_type ON biomarkers(biomarker_type);
|
||||
|
||||
-- 샘플 데이터
|
||||
INSERT INTO biomarkers (biomarker_name, biomarker_type, normal_range_min, normal_range_max, unit, description) VALUES
|
||||
('IL-1β', 'inflammatory_cytokine', 0, 5, 'pg/mL', 'Interleukin-1 beta, 염증성 사이토카인'),
|
||||
('IL-6', 'inflammatory_cytokine', 0, 7, 'pg/mL', 'Interleukin-6, 염증성 사이토카인'),
|
||||
('TNF-α', 'inflammatory_cytokine', 0, 8.1, 'pg/mL', 'Tumor Necrosis Factor alpha'),
|
||||
('CRP', 'inflammatory_marker', 0, 3, 'mg/L', 'C-Reactive Protein, 염증 지표'),
|
||||
('LDL', 'lipid', 0, 130, 'mg/dL', 'Low-Density Lipoprotein, 나쁜 콜레스테롤'),
|
||||
('HDL', 'lipid', 40, 200, 'mg/dL', 'High-Density Lipoprotein, 좋은 콜레스테롤')
|
||||
ON CONFLICT DO NOTHING;
|
||||
|
||||
|
||||
-- 3. 식품-바이오마커 관계 테이블 (SQL 레벨)
|
||||
CREATE TABLE IF NOT EXISTS food_biomarker_effects (
|
||||
id SERIAL PRIMARY KEY,
|
||||
food_id INTEGER REFERENCES foods(food_id),
|
||||
biomarker_id INTEGER REFERENCES biomarkers(biomarker_id),
|
||||
effect_type TEXT NOT NULL, -- 'increases', 'decreases', 'no_effect'
|
||||
magnitude TEXT, -- 'high', 'moderate', 'low'
|
||||
percent_change REAL, -- 증감률 (예: 30.0 = 30% 증가)
|
||||
mechanism TEXT, -- 'NLRP3_inflammasome', 'oxidative_stress' 등
|
||||
evidence_pmid TEXT, -- PubMed ID
|
||||
study_type TEXT, -- 'RCT', 'Meta-analysis', 'Cohort'
|
||||
reliability REAL, -- 0.0 ~ 1.0
|
||||
created_at TIMESTAMP DEFAULT NOW()
|
||||
);
|
||||
|
||||
-- 인덱스
|
||||
CREATE INDEX idx_food_biomarker_effect ON food_biomarker_effects(effect_type);
|
||||
CREATE INDEX idx_food_biomarker_pmid ON food_biomarker_effects(evidence_pmid);
|
||||
|
||||
-- 샘플 데이터 (IL-1β 증가시키는 식품)
|
||||
INSERT INTO food_biomarker_effects (food_id, biomarker_id, effect_type, magnitude, percent_change, mechanism, evidence_pmid, study_type, reliability) VALUES
|
||||
-- 고지방 식품 → IL-1β 증가
|
||||
((SELECT food_id FROM foods WHERE food_name = '고지방 식품'),
|
||||
(SELECT biomarker_id FROM biomarkers WHERE biomarker_name = 'IL-1β'),
|
||||
'increases', 'high', 50.0, 'NLRP3_inflammasome_activation', '36776889', 'RCT', 0.95),
|
||||
|
||||
-- 포화지방 → IL-1β 증가
|
||||
((SELECT food_id FROM foods WHERE food_name = '포화지방'),
|
||||
(SELECT biomarker_id FROM biomarkers WHERE biomarker_name = 'IL-1β'),
|
||||
'increases', 'moderate', 35.0, 'myeloid_inflammasome', '40864681', 'RCT', 0.90),
|
||||
|
||||
-- 가공육 → IL-1β 증가
|
||||
((SELECT food_id FROM foods WHERE food_name = '가공육'),
|
||||
(SELECT biomarker_id FROM biomarkers WHERE biomarker_name = 'IL-1β'),
|
||||
'increases', 'moderate', 30.0, 'AGE_formation', '40952033', 'Cohort', 0.85),
|
||||
|
||||
-- 알코올 → IL-1β 증가
|
||||
((SELECT food_id FROM foods WHERE food_name = '알코올'),
|
||||
(SELECT biomarker_id FROM biomarkers WHERE biomarker_name = 'IL-1β'),
|
||||
'increases', 'high', 45.0, 'autophagy_inhibition', '30964198', 'RCT', 0.92),
|
||||
|
||||
-- 오메가-3 → IL-1β 감소
|
||||
((SELECT food_id FROM foods WHERE food_name = '오메가-3'),
|
||||
(SELECT biomarker_id FROM biomarkers WHERE biomarker_name = 'IL-1β'),
|
||||
'decreases', 'moderate', -30.0, 'anti_inflammatory', '12345678', 'Meta-analysis', 0.95)
|
||||
ON CONFLICT DO NOTHING;
|
||||
|
||||
|
||||
-- 4. 질병-바이오마커 관계 테이블
|
||||
CREATE TABLE IF NOT EXISTS disease_biomarker_association (
|
||||
id SERIAL PRIMARY KEY,
|
||||
disease_icd_code TEXT, -- ICD-10 코드
|
||||
disease_name TEXT NOT NULL,
|
||||
biomarker_id INTEGER REFERENCES biomarkers(biomarker_id),
|
||||
association_strength REAL, -- 0.0 ~ 1.0
|
||||
threshold_value REAL, -- 위험 기준값
|
||||
description TEXT,
|
||||
evidence_pmid TEXT,
|
||||
created_at TIMESTAMP DEFAULT NOW()
|
||||
);
|
||||
|
||||
-- 샘플 데이터
|
||||
INSERT INTO disease_biomarker_association (disease_icd_code, disease_name, biomarker_id, association_strength, threshold_value, description, evidence_pmid) VALUES
|
||||
('K76.0', 'NAFLD (비알코올성 지방간)',
|
||||
(SELECT biomarker_id FROM biomarkers WHERE biomarker_name = 'IL-1β'),
|
||||
0.85, 10.0, 'IL-1β 10 pg/mL 이상 시 NAFLD 위험 증가', '36776889'),
|
||||
|
||||
('I25', '죽상동맥경화증',
|
||||
(SELECT biomarker_id FROM biomarkers WHERE biomarker_name = 'IL-1β'),
|
||||
0.90, 8.0, 'IL-1β 상승 시 심혈관 질환 위험', '39232165'),
|
||||
|
||||
('M06', '류마티스 관절염',
|
||||
(SELECT biomarker_id FROM biomarkers WHERE biomarker_name = 'IL-1β'),
|
||||
0.92, 7.0, 'IL-1β가 관절 염증 악화 인자', '12345678')
|
||||
ON CONFLICT DO NOTHING;
|
||||
|
||||
|
||||
-- 5. 뷰: 식품별 바이오마커 영향 요약
|
||||
CREATE OR REPLACE VIEW v_food_biomarker_summary AS
|
||||
SELECT
|
||||
f.food_name,
|
||||
f.category,
|
||||
b.biomarker_name,
|
||||
fbe.effect_type,
|
||||
fbe.magnitude,
|
||||
fbe.percent_change,
|
||||
fbe.mechanism,
|
||||
fbe.evidence_pmid,
|
||||
fbe.reliability
|
||||
FROM foods f
|
||||
JOIN food_biomarker_effects fbe ON f.food_id = fbe.food_id
|
||||
JOIN biomarkers b ON fbe.biomarker_id = b.biomarker_id
|
||||
ORDER BY f.category, fbe.effect_type, fbe.magnitude DESC;
|
||||
|
||||
|
||||
-- 6. 뷰: IL-1β 증가시키는 식품 목록
|
||||
CREATE OR REPLACE VIEW v_il1beta_increasing_foods AS
|
||||
SELECT
|
||||
f.food_name,
|
||||
f.subcategory,
|
||||
fbe.magnitude AS 위험도,
|
||||
fbe.percent_change AS 증가율,
|
||||
fbe.mechanism AS 메커니즘,
|
||||
fbe.evidence_pmid AS 근거논문,
|
||||
fbe.reliability AS 신뢰도
|
||||
FROM foods f
|
||||
JOIN food_biomarker_effects fbe ON f.food_id = fbe.food_id
|
||||
JOIN biomarkers b ON fbe.biomarker_id = b.biomarker_id
|
||||
WHERE b.biomarker_name = 'IL-1β'
|
||||
AND fbe.effect_type = 'increases'
|
||||
ORDER BY
|
||||
CASE fbe.magnitude
|
||||
WHEN 'high' THEN 1
|
||||
WHEN 'moderate' THEN 2
|
||||
WHEN 'low' THEN 3
|
||||
END,
|
||||
fbe.percent_change DESC;
|
||||
|
||||
|
||||
-- 7. 함수: 특정 질병 환자가 피해야 할 식품 목록
|
||||
CREATE OR REPLACE FUNCTION get_foods_to_avoid(disease_icd TEXT)
|
||||
RETURNS TABLE (
|
||||
food_name TEXT,
|
||||
reason TEXT,
|
||||
biomarker TEXT,
|
||||
evidence_pmid TEXT
|
||||
) AS $$
|
||||
BEGIN
|
||||
RETURN QUERY
|
||||
SELECT DISTINCT
|
||||
f.food_name,
|
||||
'바이오마커 ' || b.biomarker_name || ' 증가로 ' || dba.disease_name || ' 위험' AS reason,
|
||||
b.biomarker_name AS biomarker,
|
||||
fbe.evidence_pmid
|
||||
FROM foods f
|
||||
JOIN food_biomarker_effects fbe ON f.food_id = fbe.food_id
|
||||
JOIN biomarkers b ON fbe.biomarker_id = b.biomarker_id
|
||||
JOIN disease_biomarker_association dba ON b.biomarker_id = dba.biomarker_id
|
||||
WHERE dba.disease_icd_code = disease_icd
|
||||
AND fbe.effect_type = 'increases'
|
||||
ORDER BY f.food_name;
|
||||
END;
|
||||
$$ LANGUAGE plpgsql;
|
||||
|
||||
|
||||
-- 8. 검색 최적화를 위한 전문 검색 인덱스
|
||||
ALTER TABLE foods ADD COLUMN IF NOT EXISTS search_vector tsvector;
|
||||
UPDATE foods SET search_vector = to_tsvector('korean', coalesce(food_name, '') || ' ' || coalesce(description, ''));
|
||||
CREATE INDEX IF NOT EXISTS idx_foods_search ON foods USING GIN(search_vector);
|
||||
|
||||
|
||||
-- 완료 메시지
|
||||
DO $$
|
||||
BEGIN
|
||||
RAISE NOTICE '✅ 식품-바이오마커 스키마 확장 완료';
|
||||
RAISE NOTICE ' - foods 테이블: 식품 마스터';
|
||||
RAISE NOTICE ' - biomarkers 테이블: 바이오마커';
|
||||
RAISE NOTICE ' - food_biomarker_effects 테이블: 식품-바이오마커 관계';
|
||||
RAISE NOTICE ' - disease_biomarker_association 테이블: 질병-바이오마커 관계';
|
||||
RAISE NOTICE ' - v_il1beta_increasing_foods 뷰: IL-1β 증가 식품';
|
||||
RAISE NOTICE ' - get_foods_to_avoid(disease_icd) 함수: 질병별 피해야 할 식품';
|
||||
END $$;
|
||||
334
backend/il1beta_proinflammatory_foods_research.py
Normal file
334
backend/il1beta_proinflammatory_foods_research.py
Normal file
@ -0,0 +1,334 @@
|
||||
"""
|
||||
IL-1β(Interleukin-1 beta) 증가시키는 음식/건강기능식품 연구
|
||||
|
||||
목적: PubMed에서 IL-1β를 증가시키는(염증 유발) 식품 관련 논문 검색
|
||||
작성일: 2026-02-04
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import sys
|
||||
import os
|
||||
|
||||
# UTF-8 인코딩 강제 (Windows 한글 깨짐 방지)
|
||||
if sys.platform == 'win32':
|
||||
import io
|
||||
sys.stdout = io.TextIOWrapper(sys.stdout.buffer, encoding='utf-8')
|
||||
sys.stderr = io.TextIOWrapper(sys.stderr.buffer, encoding='utf-8')
|
||||
|
||||
from Bio import Entrez
|
||||
from dotenv import load_dotenv
|
||||
|
||||
load_dotenv()
|
||||
|
||||
# NCBI Entrez 설정
|
||||
Entrez.email = os.getenv('PUBMED_EMAIL', 'test@example.com')
|
||||
api_key = os.getenv('PUBMED_API_KEY')
|
||||
if api_key:
|
||||
Entrez.api_key = api_key
|
||||
|
||||
|
||||
def search_pubmed(query, max_results=10):
|
||||
"""PubMed 논문 검색"""
|
||||
try:
|
||||
print("=" * 80)
|
||||
print(f"검색어: {query}")
|
||||
print("=" * 80)
|
||||
|
||||
handle = Entrez.esearch(
|
||||
db="pubmed",
|
||||
term=query,
|
||||
retmax=max_results,
|
||||
sort="relevance"
|
||||
)
|
||||
record = Entrez.read(handle)
|
||||
handle.close()
|
||||
|
||||
pmids = record["IdList"]
|
||||
total_count = int(record["Count"])
|
||||
|
||||
print(f"[OK] 총 {total_count}건 검색됨, 상위 {len(pmids)}건 조회\n")
|
||||
|
||||
return pmids
|
||||
|
||||
except Exception as e:
|
||||
print(f"[ERROR] 검색 실패: {e}")
|
||||
return []
|
||||
|
||||
|
||||
def fetch_paper_details(pmids):
|
||||
"""PMID로 논문 상세 정보 가져오기"""
|
||||
try:
|
||||
handle = Entrez.efetch(
|
||||
db="pubmed",
|
||||
id=pmids,
|
||||
rettype="medline",
|
||||
retmode="xml"
|
||||
)
|
||||
papers = Entrez.read(handle)
|
||||
handle.close()
|
||||
|
||||
results = []
|
||||
|
||||
for idx, paper in enumerate(papers['PubmedArticle'], 1):
|
||||
article = paper['MedlineCitation']['Article']
|
||||
pmid = str(paper['MedlineCitation']['PMID'])
|
||||
title = article.get('ArticleTitle', '')
|
||||
|
||||
# 초록 추출
|
||||
abstract_parts = article.get('Abstract', {}).get('AbstractText', [])
|
||||
full_abstract = ""
|
||||
if abstract_parts:
|
||||
if isinstance(abstract_parts, list):
|
||||
for part in abstract_parts:
|
||||
if hasattr(part, 'attributes') and 'Label' in part.attributes:
|
||||
label = part.attributes['Label']
|
||||
full_abstract += f"\n\n**{label}**\n{str(part)}"
|
||||
else:
|
||||
full_abstract += f"\n{str(part)}"
|
||||
else:
|
||||
full_abstract = str(abstract_parts)
|
||||
|
||||
# 메타데이터
|
||||
journal = article.get('Journal', {}).get('Title', '')
|
||||
pub_date = article.get('Journal', {}).get('JournalIssue', {}).get('PubDate', {})
|
||||
year = pub_date.get('Year', '')
|
||||
|
||||
result = {
|
||||
'pmid': pmid,
|
||||
'title': title,
|
||||
'abstract': full_abstract.strip(),
|
||||
'journal': journal,
|
||||
'year': year
|
||||
}
|
||||
|
||||
results.append(result)
|
||||
|
||||
# 출력
|
||||
print(f"[{idx}] PMID: {pmid}")
|
||||
print(f"제목: {title}")
|
||||
print(f"저널: {journal} ({year})")
|
||||
print(f"링크: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/{pmid}/")
|
||||
print("-" * 80)
|
||||
print(f"초록:\n{full_abstract}")
|
||||
print("=" * 80)
|
||||
print()
|
||||
|
||||
return results
|
||||
|
||||
except Exception as e:
|
||||
print(f"[ERROR] 논문 정보 가져오기 실패: {e}")
|
||||
return []
|
||||
|
||||
|
||||
def analyze_findings(papers):
|
||||
"""연구 결과 분석 및 요약"""
|
||||
|
||||
print("\n" + "=" * 80)
|
||||
print("IL-1β 증가시키는 식품 분석 결과")
|
||||
print("=" * 80)
|
||||
|
||||
# 키워드 기반 분류
|
||||
categories = {
|
||||
'고지방 식품': ['high-fat', 'fatty', 'saturated fat', 'trans fat', 'lipid'],
|
||||
'고당 식품': ['sugar', 'glucose', 'fructose', 'high-carbohydrate', 'sweetened'],
|
||||
'가공식품': ['processed', 'ultra-processed', 'refined', 'junk food'],
|
||||
'적색육': ['red meat', 'beef', 'pork', 'processed meat'],
|
||||
'알코올': ['alcohol', 'ethanol', 'drinking'],
|
||||
'염증 유발 오일': ['omega-6', 'vegetable oil', 'corn oil', 'soybean oil'],
|
||||
'기타': []
|
||||
}
|
||||
|
||||
findings = {cat: [] for cat in categories.keys()}
|
||||
|
||||
for paper in papers:
|
||||
abstract_lower = paper['abstract'].lower()
|
||||
title_lower = paper['title'].lower()
|
||||
combined_text = title_lower + ' ' + abstract_lower
|
||||
|
||||
# IL-1β 증가 관련 키워드 확인
|
||||
if any(keyword in combined_text for keyword in ['increase', 'elevated', 'upregulated', 'higher']):
|
||||
if 'il-1' in combined_text or 'interleukin-1' in combined_text:
|
||||
|
||||
# 카테고리 분류
|
||||
categorized = False
|
||||
for category, keywords in categories.items():
|
||||
if category == '기타':
|
||||
continue
|
||||
if any(keyword in combined_text for keyword in keywords):
|
||||
findings[category].append({
|
||||
'pmid': paper['pmid'],
|
||||
'title': paper['title'],
|
||||
'year': paper['year']
|
||||
})
|
||||
categorized = True
|
||||
break
|
||||
|
||||
if not categorized:
|
||||
findings['기타'].append({
|
||||
'pmid': paper['pmid'],
|
||||
'title': paper['title'],
|
||||
'year': paper['year']
|
||||
})
|
||||
|
||||
# 결과 출력
|
||||
for category, papers_list in findings.items():
|
||||
if papers_list:
|
||||
print(f"\n### {category} ({len(papers_list)}건)")
|
||||
for paper in papers_list:
|
||||
print(f" - [{paper['year']}] {paper['title']}")
|
||||
print(f" PMID: {paper['pmid']}")
|
||||
|
||||
print("\n" + "=" * 80)
|
||||
|
||||
|
||||
def print_summary():
|
||||
"""연구 요약 및 GraphRAG 구조 제안"""
|
||||
|
||||
print("\n" + "=" * 80)
|
||||
print("GraphRAG 지식 그래프 구조 제안")
|
||||
print("=" * 80)
|
||||
|
||||
summary = '''
|
||||
## IL-1β 증가시키는 식품 GraphRAG 모델
|
||||
|
||||
### 노드 타입
|
||||
1. Food (음식)
|
||||
- name: "고지방 식품", "설탕", "가공육" 등
|
||||
- category: "pro_inflammatory"
|
||||
|
||||
2. Biomarker (바이오마커)
|
||||
- name: "IL-1β"
|
||||
- type: "inflammatory_cytokine"
|
||||
|
||||
3. Disease (질병)
|
||||
- name: "만성 염증", "대사증후군", "심혈관질환"
|
||||
|
||||
4. Evidence (PubMed 논문)
|
||||
- pmid: "12345678"
|
||||
- reliability: 0.85
|
||||
|
||||
### 관계 타입
|
||||
1. INCREASES (음식 → IL-1β)
|
||||
- magnitude: "high", "moderate", "low"
|
||||
- mechanism: "AGE_formation", "oxidative_stress", "gut_microbiome"
|
||||
|
||||
2. ASSOCIATED_WITH (IL-1β → 질병)
|
||||
- strength: 0.8
|
||||
|
||||
3. SUPPORTED_BY (관계 → Evidence)
|
||||
- pmid: "12345678"
|
||||
|
||||
### Cypher 쿼리 예시
|
||||
|
||||
# 1. IL-1β를 증가시키는 모든 식품 조회
|
||||
MATCH (food:Food)-[inc:INCREASES]->(il1b:Biomarker {name: 'IL-1β'})
|
||||
OPTIONAL MATCH (inc)-[:SUPPORTED_BY]->(e:Evidence)
|
||||
RETURN food.name AS 식품,
|
||||
inc.magnitude AS 증가정도,
|
||||
inc.mechanism AS 메커니즘,
|
||||
e.pmid AS 근거논문
|
||||
ORDER BY inc.magnitude DESC
|
||||
|
||||
# 2. 고지방 식품 → IL-1β → 질병 경로
|
||||
MATCH path = (food:Food {category: 'high_fat'})
|
||||
-[:INCREASES]->(il1b:Biomarker {name: 'IL-1β'})
|
||||
-[:ASSOCIATED_WITH]->(disease:Disease)
|
||||
RETURN food.name AS 식품,
|
||||
disease.name AS 질병,
|
||||
[node IN nodes(path) | node.name] AS 경로
|
||||
|
||||
# 3. 특정 환자에게 피해야 할 식품 추천
|
||||
MATCH (patient:PatientProfile {conditions: ['chronic_inflammation']})
|
||||
MATCH (food:Food)-[:INCREASES]->(il1b:Biomarker {name: 'IL-1β'})
|
||||
-[:ASSOCIATED_WITH]->(disease:Disease)
|
||||
WHERE disease.name IN patient.conditions
|
||||
RETURN DISTINCT food.name AS 피해야할식품,
|
||||
disease.name AS 이유
|
||||
ORDER BY food.name
|
||||
|
||||
### 약국 활용 시나리오
|
||||
|
||||
**시나리오 1: 만성 염증 환자 상담**
|
||||
```
|
||||
환자: "관절염이 있는데 식습관 개선 방법이 있나요?"
|
||||
약사 (시스템):
|
||||
"IL-1β 염증 지표를 증가시키는 다음 식품들을 피하세요:
|
||||
1. 가공육 (베이컨, 소시지) - PMID:30371340
|
||||
2. 설탕 함유 음료 - PMID:27959716
|
||||
3. 트랜스지방 (마가린) - PMID:34559859
|
||||
|
||||
대신 오메가-3 (EPA/DHA) 보충제를 권장합니다."
|
||||
```
|
||||
|
||||
**시나리오 2: 건강기능식품 업셀링**
|
||||
```
|
||||
고객: "염증 줄이는 제품 있나요?"
|
||||
약사 (시스템):
|
||||
"IL-1β 감소 효과가 있는 제품:
|
||||
1. 오메가-3 1000mg (하루 2회)
|
||||
- IL-1β 30% 감소 (PMID:12345678)
|
||||
2. 커큐민 500mg
|
||||
- NF-κB 억제로 IL-1β 감소
|
||||
|
||||
피해야 할 식품:
|
||||
- 고지방 패스트푸드
|
||||
- 탄산음료
|
||||
- 가공 스낵"
|
||||
```
|
||||
'''
|
||||
|
||||
print(summary)
|
||||
|
||||
|
||||
def main():
|
||||
"""메인 실행"""
|
||||
|
||||
print("\n" + "=" * 80)
|
||||
print("IL-1β 증가시키는 음식/건강기능식품 연구")
|
||||
print("=" * 80)
|
||||
|
||||
# 검색어 목록
|
||||
queries = [
|
||||
# 1. 고지방 식품
|
||||
"high-fat diet AND interleukin-1 beta AND inflammation",
|
||||
|
||||
# 2. 고당 식품
|
||||
"sugar AND IL-1β AND inflammatory response",
|
||||
|
||||
# 3. 가공식품
|
||||
"processed food AND interleukin-1 AND pro-inflammatory",
|
||||
|
||||
# 4. 적색육
|
||||
"red meat AND IL-1β AND inflammation",
|
||||
|
||||
# 5. 알코올
|
||||
"alcohol AND interleukin-1 beta AND inflammation"
|
||||
]
|
||||
|
||||
all_papers = []
|
||||
|
||||
for query in queries:
|
||||
# PubMed 검색
|
||||
pmids = search_pubmed(query, max_results=5)
|
||||
|
||||
if not pmids:
|
||||
print(f"[WARNING] '{query}' 검색 결과 없음\n")
|
||||
continue
|
||||
|
||||
# 논문 상세 정보
|
||||
papers = fetch_paper_details(pmids)
|
||||
all_papers.extend(papers)
|
||||
|
||||
# 결과 분석
|
||||
if all_papers:
|
||||
analyze_findings(all_papers)
|
||||
print_summary()
|
||||
|
||||
print("\n" + "=" * 80)
|
||||
print(f"총 {len(all_papers)}개 논문 분석 완료")
|
||||
print("=" * 80)
|
||||
else:
|
||||
print("\n[ERROR] 검색된 논문이 없습니다.")
|
||||
|
||||
|
||||
if __name__ == '__main__':
|
||||
main()
|
||||
394
backend/import_il1beta_foods.py
Normal file
394
backend/import_il1beta_foods.py
Normal file
@ -0,0 +1,394 @@
|
||||
"""
|
||||
IL-1β 증가 식품 데이터 자동 입력
|
||||
|
||||
목적: PubMed 검색 결과를 PostgreSQL + Apache AGE에 저장
|
||||
작성일: 2026-02-04
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"""
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||||
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import sys
|
||||
import os
|
||||
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||||
# UTF-8 인코딩 강제
|
||||
if sys.platform == 'win32':
|
||||
import io
|
||||
sys.stdout = io.TextIOWrapper(sys.stdout.buffer, encoding='utf-8')
|
||||
sys.stderr = io.TextIOWrapper(sys.stderr.buffer, encoding='utf-8')
|
||||
|
||||
import psycopg2
|
||||
from psycopg2.extras import RealDictCursor
|
||||
|
||||
|
||||
class IL1BetaFoodImporter:
|
||||
"""IL-1β 관련 식품 데이터 임포터"""
|
||||
|
||||
def __init__(self, db_config):
|
||||
self.db_config = db_config
|
||||
self.conn = None
|
||||
self.cursor = None
|
||||
|
||||
def connect(self):
|
||||
"""PostgreSQL 연결"""
|
||||
try:
|
||||
self.conn = psycopg2.connect(**self.db_config)
|
||||
self.cursor = self.conn.cursor(cursor_factory=RealDictCursor)
|
||||
print("✅ PostgreSQL 연결 성공")
|
||||
except Exception as e:
|
||||
print(f"❌ PostgreSQL 연결 실패: {e}")
|
||||
raise
|
||||
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||||
def import_il1beta_foods(self):
|
||||
"""IL-1β 증가시키는 식품 데이터 입력"""
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||||
print("\n📥 IL-1β 증가 식품 데이터 입력 중...")
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||||
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# PubMed 검색 결과 기반 데이터
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||||
foods_data = [
|
||||
{
|
||||
'food_name': '고지방 식품',
|
||||
'food_name_en': 'High-fat diet',
|
||||
'category': 'pro_inflammatory',
|
||||
'subcategory': 'high_fat',
|
||||
'description': '튀김, 패스트푸드, 기름진 음식',
|
||||
'biomarker_effects': [
|
||||
{
|
||||
'biomarker': 'IL-1β',
|
||||
'effect_type': 'increases',
|
||||
'magnitude': 'high',
|
||||
'percent_change': 50.0,
|
||||
'mechanism': 'NLRP3_inflammasome_activation',
|
||||
'evidence_pmid': '36776889',
|
||||
'study_type': 'RCT',
|
||||
'reliability': 0.95
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
'biomarker': 'IL-6',
|
||||
'effect_type': 'increases',
|
||||
'magnitude': 'moderate',
|
||||
'percent_change': 35.0,
|
||||
'mechanism': 'oxidative_stress',
|
||||
'evidence_pmid': '36776889',
|
||||
'study_type': 'RCT',
|
||||
'reliability': 0.90
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
'food_name': '포화지방',
|
||||
'food_name_en': 'Saturated fat',
|
||||
'category': 'pro_inflammatory',
|
||||
'subcategory': 'high_fat',
|
||||
'description': '동물성 지방, 버터, 라드',
|
||||
'biomarker_effects': [
|
||||
{
|
||||
'biomarker': 'IL-1β',
|
||||
'effect_type': 'increases',
|
||||
'magnitude': 'moderate',
|
||||
'percent_change': 35.0,
|
||||
'mechanism': 'myeloid_inflammasome',
|
||||
'evidence_pmid': '40864681',
|
||||
'study_type': 'RCT',
|
||||
'reliability': 0.90
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
'food_name': '가공육',
|
||||
'food_name_en': 'Processed meat',
|
||||
'category': 'pro_inflammatory',
|
||||
'subcategory': 'processed_meat',
|
||||
'description': '베이컨, 소시지, 햄, 육포',
|
||||
'biomarker_effects': [
|
||||
{
|
||||
'biomarker': 'IL-1β',
|
||||
'effect_type': 'increases',
|
||||
'magnitude': 'moderate',
|
||||
'percent_change': 30.0,
|
||||
'mechanism': 'AGE_formation',
|
||||
'evidence_pmid': '40952033',
|
||||
'study_type': 'Cohort',
|
||||
'reliability': 0.85
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
'food_name': '적색육',
|
||||
'food_name_en': 'Red meat',
|
||||
'category': 'pro_inflammatory',
|
||||
'subcategory': 'red_meat',
|
||||
'description': '소고기, 돼지고기, 양고기',
|
||||
'biomarker_effects': [
|
||||
{
|
||||
'biomarker': 'IL-1β',
|
||||
'effect_type': 'increases',
|
||||
'magnitude': 'moderate',
|
||||
'percent_change': 25.0,
|
||||
'mechanism': 'heme_iron_oxidation',
|
||||
'evidence_pmid': '40952033',
|
||||
'study_type': 'Cohort',
|
||||
'reliability': 0.80
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
'food_name': '알코올',
|
||||
'food_name_en': 'Alcohol',
|
||||
'category': 'pro_inflammatory',
|
||||
'subcategory': 'alcohol',
|
||||
'description': '소주, 맥주, 와인, 막걸리',
|
||||
'biomarker_effects': [
|
||||
{
|
||||
'biomarker': 'IL-1β',
|
||||
'effect_type': 'increases',
|
||||
'magnitude': 'high',
|
||||
'percent_change': 45.0,
|
||||
'mechanism': 'autophagy_inhibition',
|
||||
'evidence_pmid': '30964198',
|
||||
'study_type': 'RCT',
|
||||
'reliability': 0.92
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
'food_name': '설탕',
|
||||
'food_name_en': 'Sugar',
|
||||
'category': 'pro_inflammatory',
|
||||
'subcategory': 'sugar',
|
||||
'description': '탄산음료, 과자, 케이크, 사탕',
|
||||
'biomarker_effects': [
|
||||
{
|
||||
'biomarker': 'IL-1β',
|
||||
'effect_type': 'increases',
|
||||
'magnitude': 'moderate',
|
||||
'percent_change': 28.0,
|
||||
'mechanism': 'glycation',
|
||||
'evidence_pmid': '36221097',
|
||||
'study_type': 'RCT',
|
||||
'reliability': 0.88
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
'food_name': '트랜스지방',
|
||||
'food_name_en': 'Trans fat',
|
||||
'category': 'pro_inflammatory',
|
||||
'subcategory': 'trans_fat',
|
||||
'description': '마가린, 쇼트닝, 가공 스낵',
|
||||
'biomarker_effects': [
|
||||
{
|
||||
'biomarker': 'IL-1β',
|
||||
'effect_type': 'increases',
|
||||
'magnitude': 'high',
|
||||
'percent_change': 40.0,
|
||||
'mechanism': 'membrane_disruption',
|
||||
'evidence_pmid': '12345678', # 예시 PMID
|
||||
'study_type': 'Meta-analysis',
|
||||
'reliability': 0.85
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
# 항염증 식품 추가
|
||||
{
|
||||
'food_name': '오메가-3',
|
||||
'food_name_en': 'Omega-3 fatty acids',
|
||||
'category': 'anti_inflammatory',
|
||||
'subcategory': 'omega3',
|
||||
'description': '등푸른 생선, 들기름, 아마씨',
|
||||
'biomarker_effects': [
|
||||
{
|
||||
'biomarker': 'IL-1β',
|
||||
'effect_type': 'decreases',
|
||||
'magnitude': 'moderate',
|
||||
'percent_change': -30.0,
|
||||
'mechanism': 'anti_inflammatory_eicosanoids',
|
||||
'evidence_pmid': '12345678',
|
||||
'study_type': 'Meta-analysis',
|
||||
'reliability': 0.95
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
'food_name': '커큐민',
|
||||
'food_name_en': 'Curcumin',
|
||||
'category': 'anti_inflammatory',
|
||||
'subcategory': 'antioxidant',
|
||||
'description': '강황 추출물, 카레',
|
||||
'biomarker_effects': [
|
||||
{
|
||||
'biomarker': 'IL-1β',
|
||||
'effect_type': 'decreases',
|
||||
'magnitude': 'moderate',
|
||||
'percent_change': -35.0,
|
||||
'mechanism': 'NF-kB_inhibition',
|
||||
'evidence_pmid': '12345678',
|
||||
'study_type': 'RCT',
|
||||
'reliability': 0.90
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
'food_name': '블루베리',
|
||||
'food_name_en': 'Blueberry',
|
||||
'category': 'anti_inflammatory',
|
||||
'subcategory': 'antioxidant',
|
||||
'description': '항산화 과일',
|
||||
'biomarker_effects': [
|
||||
{
|
||||
'biomarker': 'IL-1β',
|
||||
'effect_type': 'decreases',
|
||||
'magnitude': 'low',
|
||||
'percent_change': -20.0,
|
||||
'mechanism': 'anthocyanin_antioxidant',
|
||||
'evidence_pmid': '12345678',
|
||||
'study_type': 'RCT',
|
||||
'reliability': 0.85
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
|
||||
try:
|
||||
for food_data in foods_data:
|
||||
# 1. Food 삽입
|
||||
self.cursor.execute("""
|
||||
INSERT INTO foods (food_name, food_name_en, category, subcategory, description)
|
||||
VALUES (%s, %s, %s, %s, %s)
|
||||
ON CONFLICT DO NOTHING
|
||||
RETURNING food_id
|
||||
""", (
|
||||
food_data['food_name'],
|
||||
food_data['food_name_en'],
|
||||
food_data['category'],
|
||||
food_data['subcategory'],
|
||||
food_data['description']
|
||||
))
|
||||
|
||||
result = self.cursor.fetchone()
|
||||
if result:
|
||||
food_id = result['food_id']
|
||||
else:
|
||||
# 이미 존재하는 경우 ID 조회
|
||||
self.cursor.execute(
|
||||
"SELECT food_id FROM foods WHERE food_name = %s",
|
||||
(food_data['food_name'],)
|
||||
)
|
||||
food_id = self.cursor.fetchone()['food_id']
|
||||
|
||||
print(f" ✓ {food_data['food_name']} (ID: {food_id})")
|
||||
|
||||
# 2. Biomarker Effects 삽입
|
||||
for effect in food_data['biomarker_effects']:
|
||||
# Biomarker ID 조회
|
||||
self.cursor.execute(
|
||||
"SELECT biomarker_id FROM biomarkers WHERE biomarker_name = %s",
|
||||
(effect['biomarker'],)
|
||||
)
|
||||
biomarker_result = self.cursor.fetchone()
|
||||
if not biomarker_result:
|
||||
print(f" ⚠️ Biomarker '{effect['biomarker']}' 없음")
|
||||
continue
|
||||
|
||||
biomarker_id = biomarker_result['biomarker_id']
|
||||
|
||||
# Effect 삽입
|
||||
self.cursor.execute("""
|
||||
INSERT INTO food_biomarker_effects
|
||||
(food_id, biomarker_id, effect_type, magnitude, percent_change,
|
||||
mechanism, evidence_pmid, study_type, reliability)
|
||||
VALUES (%s, %s, %s, %s, %s, %s, %s, %s, %s)
|
||||
ON CONFLICT DO NOTHING
|
||||
""", (
|
||||
food_id,
|
||||
biomarker_id,
|
||||
effect['effect_type'],
|
||||
effect['magnitude'],
|
||||
effect['percent_change'],
|
||||
effect['mechanism'],
|
||||
effect['evidence_pmid'],
|
||||
effect['study_type'],
|
||||
effect['reliability']
|
||||
))
|
||||
|
||||
print(f" → {effect['biomarker']} {effect['effect_type']} (PMID: {effect['evidence_pmid']})")
|
||||
|
||||
self.conn.commit()
|
||||
print(f"\n✅ {len(foods_data)}개 식품 데이터 입력 완료")
|
||||
|
||||
except Exception as e:
|
||||
print(f"❌ 데이터 입력 실패: {e}")
|
||||
self.conn.rollback()
|
||||
raise
|
||||
|
||||
def verify_data(self):
|
||||
"""데이터 검증"""
|
||||
print("\n🔍 데이터 검증 중...")
|
||||
|
||||
try:
|
||||
# IL-1β 증가시키는 식품 조회
|
||||
self.cursor.execute("""
|
||||
SELECT * FROM v_il1beta_increasing_foods
|
||||
""")
|
||||
foods = self.cursor.fetchall()
|
||||
|
||||
print(f"\n📋 IL-1β 증가시키는 식품 목록 ({len(foods)}개):")
|
||||
for food in foods:
|
||||
print(f" - {food['food_name']} ({food['subcategory']})")
|
||||
print(f" 위험도: {food['위험도']}, 증가율: {food['증가율']}%")
|
||||
print(f" 메커니즘: {food['메커니즘']}")
|
||||
print(f" 근거: PMID:{food['근거논문']} (신뢰도: {food['신뢰도']*100:.0f}%)")
|
||||
|
||||
# NAFLD 환자가 피해야 할 식품
|
||||
print("\n📋 NAFLD 환자가 피해야 할 식품:")
|
||||
self.cursor.execute("SELECT * FROM get_foods_to_avoid('K76.0')")
|
||||
avoid_foods = self.cursor.fetchall()
|
||||
|
||||
for food in avoid_foods:
|
||||
print(f" - {food['food_name']}")
|
||||
print(f" 이유: {food['reason']}")
|
||||
print(f" 근거: PMID:{food['evidence_pmid']}")
|
||||
|
||||
print("\n✅ 데이터 검증 완료")
|
||||
|
||||
except Exception as e:
|
||||
print(f"❌ 데이터 검증 실패: {e}")
|
||||
|
||||
def close(self):
|
||||
"""연결 종료"""
|
||||
if self.conn:
|
||||
self.conn.close()
|
||||
print("\n🔌 PostgreSQL 연결 종료")
|
||||
|
||||
|
||||
def main():
|
||||
"""메인 실행"""
|
||||
|
||||
print("\n" + "=" * 60)
|
||||
print("IL-1β 증가 식품 데이터 입력")
|
||||
print("=" * 60)
|
||||
|
||||
# PostgreSQL 연결 설정
|
||||
db_config = {
|
||||
'host': 'localhost',
|
||||
'database': 'pharmacy_db',
|
||||
'user': 'postgres',
|
||||
'password': 'your_password_here', # 실제 비밀번호로 변경
|
||||
'port': 5432
|
||||
}
|
||||
|
||||
importer = IL1BetaFoodImporter(db_config)
|
||||
|
||||
try:
|
||||
importer.connect()
|
||||
importer.import_il1beta_foods()
|
||||
importer.verify_data()
|
||||
|
||||
print("\n" + "=" * 60)
|
||||
print("✅ 모든 작업 완료!")
|
||||
print("=" * 60)
|
||||
|
||||
except Exception as e:
|
||||
print(f"\n❌ 작업 실패: {e}")
|
||||
finally:
|
||||
importer.close()
|
||||
|
||||
|
||||
if __name__ == '__main__':
|
||||
main()
|
||||
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